BIOMOD日本大会結果

8/31(土)、東京大学駒場リサーチキャンパスにおいて、BIOMOD日本大会2019を開催しました。
参加人数は学生30名、教員16名でした。

webページと口頭発表を採点した結果、4つの学生チームの順位は以下の通りとなりました。
1位:TEAM TOKYO
2位:Team Sendai
3位:YOKABAIO
4位:TEAM KANSAI

日本大会で得られた経験・教員からのフィードバックをもとに、サンフランシスコ大会ではさらに活躍してもらいたいと思います。

 

BIOMOD 日本大会 2019 開催のお知らせ(8/26更新)

10月末にサンフランシスコで開かれるBIOMODジャンボリーの関連イベントとして、8月末にBIOMOD日本大会を行います。ウェブページの準備や発表練習の機会として活用してください。審査員からのフィードバックをもとに、サンフランシスコ大会で活躍できることを期待します。また、日本のチームは日本大会の成績に応じてトラベルアワードが支給されます。詳しくは以下の情報を参照してください。当日のプログラムおよび各チームのアブストラクト・Webページが公開されました。
As a related event of BIOMOD jamboree at San Francisco in the end of October, BIOMOD Japan Meeting takes place in the end of August. Please use it as an opportunity to prepare a webpage and practice oral presentation. Taking the feedback from judges, we hope you can do your best at the jamboree in San Francisco. Depending on the ranking of Japan meeting, Japanese teams are eligible for travel award. Please look the following detail information.
・名称(Name):BIOMOD日本大会2019 (BIOMOD Japan Meeting 2019)
・日付(Date):8月31日土曜日(31st of August, Saturday)
・時間(Time):14:30-17:25
・場所(Place):東京大学生産技術研究所 (Institute of Industrial Science, The University of Tokyo)
・会場(Room):S棟プレゼンテーションルーム (Presentation room, S building)

https://goo.gl/maps/8zVge7DLNoADqLJ59
https://www.iis.u-tokyo.ac.jp/ja/access/
https://www.iis.u-tokyo.ac.jp/en/access/

・主催(Sponsorship):SICE知能分子ロボティクス調査研究会 (The SICE research committee for Intelligent Molecular Robotics)
・共催(Co-sponsorship):JST分子ロボット倫理研究会(SIG Molecular Robotics Ethics, JST)
・共催(Co-sponsorship):東京大学生産技術研究所 藤井研究室 (Applied Microfluidic Systems Lab, The University of Tokyo)
・参加資格(Who can join)
BIOMOD日本大会2019には、サンフランシスコ大会に出場予定、あるいはウェイティングリストに申し込んだチームが参加することができます。
Teams who are participating the jamboree at San Francisco or in the waiting list can join the BIOMOD Japan Meeting.
登録費、参加費(Registration fee, participation fee):無料(Free)
会場までは自費で来てください。
懇親会には参加費がかかります。
Please come to the conference place at your own expense.
Social gathering costs some money.
・締切(Deadlines)
7/19(金)(19th of July, Friday):エントリー締め切り (Entry due)
8/17(土)(17th of August, Saturday) 23:59: アブストラクト締め切り(Abstract due)
8/24(土)(24th of August, Saturday)23:59 :ウェブページ締め切り(Webpage due)
8/28(水)(28th of August, Wednesday)23:59 :ELSI締め切り(ELSI due)

8/31スケジュール(予定)(Schedule of 31st of August)
113:30-14:30 設営、プロジェクター確認(Prepare, check projector)
14:30-14:33 中茎先生、挨拶(Greeting from prof. Nakakuki)
14:33-14:36 藤井先生、挨拶 (Greeting from prof. Fuji)
14:36-14:40 ルール説明(Rule)
14:40-15:05 関西大(TEAM KANSAI)
15:05-15:30 東大(TEAM TOKYO)
15:30-15:45 休憩(Break)
15:45-16:10 東北大(Team Sendai)
16:10-16:35 九工大(YOKABAIO)
16:35-16:40 集合写真(Group photo)
16:40-16:55 休憩(Break)
16:55-17:15 小長谷先生、ELSI(ELSI from prof. Konagaya)
17:15-17:25 表彰式(Awards)
17:25-17:30 村田先生、総評(Closing remarks from prof. Murata)
17:30- 解散(End)
18:00- 懇親会(Social gathering)
アーペ(生産技術研究所内にあるレストラン)
当日チームごとに懇親会参加者の懇親会費を集金します。
教員と学生が同じ会場で合同で行います。
Ape (Restaurant in the campus of Institute of Industrial Science)
We collect fee of the social gathering from each team at the conference.
Both faculty mentors and students gather to the same restaurant.

・8/31(土)は、駒場リサーチキャンパス(東京大学生産技術研究所)の東門は施錠されており、正門からしか入れません。
ご注意ください。
On 31st of August (Sat.), only the main entrance of Komaba research campus (the Institute of Industrial Science, The University of Tokyo) is open, and the east entrance is closed.
Please be careful.

・エントリーは、以下の情報を締め切りまでに川又に送ってください。
Send the following entry information to Kawamata before the deadline.
チーム名(英語)
Name of the team
学生代表氏名、メールアドレス
Name and mail address of the student leader
教員氏名、メールアドレス
Name and mail address of the faculty mentor
学生メンター氏名、メールアドレス(もしいれば)
Name and mail address of the graduate student mentor (if any)
発表順番などの希望(やむを得ない事情があれば)
Request of the order to present (if you have any unavoidable reason)

・アブストラクトは締め切りまでに川又に送ってください。
英語150ワード以内。
Send the abstract to Kawamata before the deadline.
150 words max in English.

・ウェブページは、URLを8/24の締め切りまでに川又に送り、その後は以下のELSIの情報を除いて編集しないこと。
Send the URL of the webpage to Kawamata before the deadline of 24th of August, and do not edit it except the ELSI information (see below) after that.
ウェブページには、英語のELSI(Ethical, Legal, and Social Implications)の情報を、8/28の締め切りまでに追加してください。以下のトラベルアワードのために必要です。
Add the information of ELSI (Ethical, Legal, and Social Implications) to the webpage before the deadline of 28th of August. It is necessary for the travel award (see below).

・日本チームは順位に応じてトラベルアワードを贈呈します。
Japanese teams are eligible for travel award depending on their ranking.
1位:3名分旅費相当 (1st place : flight cost of around three students)
2位:2名分旅費相当 (2nd place : flight cost of around two students)
3位:1名分旅費相当 (3rd place : flight cost of around one student)
4位:1名分旅費相当 (4th place : flight cost of around one student)
上限額および条件あり。
Note that there is an upper limit and conditions.

・口頭発表・質疑応答(Oral presentation and question and answer):25分(25 minutes)
発表10分、質疑応答14分、交代1分
10 minutes of presentation, 14 minutes of question and answer, 1 minute for changing

・審査員はBIOMODと同じポイント制度に従い、ウェブページと口頭発表を採点します。
Judges use the same point system of BIOMOD competition to evaluate the webpage and the oral presentation.
http://biomod.net/judging/

・審査員は8/30(金)までにウェブページの採点結果を川又に送ってください。
Judges send their scores of the webpage to Kawamata before 30th of August (Friday).

・審査員は8/31(土)発表終了後、休憩時間に口頭発表の採点結果を川又に送ってください。
Judges send their scores of the oral presentation to Kawamata during the break after the presentation on 31st of August (Saturday).

・川又のメールアドレス(Mail address of Kawamata): kawamata[at]molbot.mech.tohoku.ac.jp

プログラムオーガナイザー(Program organizer):川又 生吹 (Ibuki Kawamata)
ローカルオーガナイザー(Local organizer):奥村 周 (Shu Okumura)、Anthony Genot

アブストラクト(Abstract)・Webページ
関西大学(TEAM KANSAI)”https://biomod2019.wixsite.com/kansai-univ”
In recent years, DNA Origami is attracting attention. It is an innovative technology that allows free design and creation of desired nanoscale structures. DNA Origami is expected to be applied to various purposes such as molecular robots. One interesting example of molecular robots is “Nanocars”.
Here, we propose a Nanocar made with DNA Origami technique. First, we designed DNA sequence for one-wheeled car body and will make DNA Origami based on this design. Next, two of the car bodies will be connected by appropriate staple strands to create “DNA Origami Bicycle”. Finally, staple strands with azobenzene moieties will be introduced to crosslink the tire and shaft. With this azobenzene-tethered DNA, formation and dissociation of a DNA duplex can be reversibly photo-regulated by cis–trans isomerization of the azobenzene. By using this mechanism, we can achive control of driving.
In the future, we will challenge car racing by DNA nanocar.

東大(TEAM TOKYO)”https://biomodtokyo2019.github.io/wiki/”
Swarm Robotics consists of simple robots and their communication system, and it is gathering attention for its flexibility and adaptability to environment which cannot be achieved by one robot.
Here, we aim to achieve nano-scale swarm robot systems with two components: 1. reaction fields derived from ON-OFF DNA concentration condition using polymerase, exonuclease and nickase 2. swarm robots consist of beads with DNA strands which react the DNA concentration situations. The behavior of swarm robots involves the aggregation of DNA-modified beads by a linker DNA which is synthesized only when the field DNA is ON.
The strong points in our project are simplification and downsizing of high sensing technology in a moderate condition by a bottom-up approach.
These can be applied to molecular sensing such as visualization and simplification in medical examinations.

東北大(Team Sendai)”https://teamsendai2019biomod.github.io/HelloGit/”
A recent study has succeeded in making 100 times-swelling hydrogel by DNA-crosslinked acrylamide in which the crosslink extends linearly by incorporating DNA hairpins through Hybridization Chain Reaction (HCR).
Although the method achieved an extraordinary swelling rate, the gel cannot shrink.
It just stops swelling when it runs out of DNA hairpins.
Here, we propose a novel design of DNA-linked hydrogel that can not only extend but shrink, like a muscle fiber. In the above swelling gel by HCR, hairpin DNAs are incorporated at one end of linking complex which allows linear elongation of the crosslink. Based on the same design, we add a novel shrinking mechanism which removes DNA from the other end of the complex. We call it “reverse hybridization chain reaction(RHCR)” .
In the future, our DNA hydrogel muscle may contribute to the development of highly designable metamorphic robots.

九工大(YOKABAIO)”https://yokabio2019.github.io/Web/Home/Home.html”
Enzymes are essential substance for all living. For example, the reason why we can take in nutrients through meals is that what we take in from the mouth is broken down by an enzymatic reaction and can be absorbed. If we don’t have any enzymes, we can’t get nutrients.
However, enzymes have some weak points. The one is not to happen frequently enzyme reaction because active center is so small compared the size of enzyme molecule. We came up with a new machine that does the activity like active center of enzymes increased responding. The way is using two DNA origami connected each other on a side. The one is bound a substrate and the other is bound a catalyst, and the two molecules react forcibly by folded two DNA origami. We dream this machine can make two molecules they aren’t specific each other react effectively.

BIOMOD JAPAN 2018 プログラム

8月26日(日)に開催されるBIOMOD JAPAN 2018のプログラム及び参加チームのアブストラクトが発表になりました。
詳しくはこちらをご覧ください。

BIOMOD JAPAN 2018 開催のお知らせ(7/30 updated)

分子ロボティクス研究会は,本年もBIOMOD JAPAN 2018を開催します.
(7月30日青字部分を追加いたしました)

サンフランシスコで開かれるBIOMODジャンボリーに向けた発表練習をしたいチーム,他チームのメンター達からの意見をもらってプロジェクトをブラッシュアップしたいチームのみなさんは、どうぞぜひこの機会を利用してください.BIOMOD JAPAN2018には,BIOMOD2018に出場予定、あるいは出場エントリーしたが出場枠が得られたなかったチームが参加することができます.参加費は無料です.
◆日時:2018年8月26日(日) 1300-1700ころ
◆場所:大阪大学 豊中キャンパス シグマホール(Sigma Hall (No. 27 “Hall”))
BIOMODジャンボリーと同様の基準で、発表およびWikiの内容に対して、メンターによる評価が行われます.You Tubeは評価対象ではありません.評価結果は参加チームにフィードバックされます.
◆発表時間:10分,質疑5分
◆アブストラクト〆切り: 2018年8月4日(土)24:00
注)アブストラクトは本大会と同じ条件(英語でMax 150 words)にて提出してください
◆Wikiフリーズ: 2018年8月18日(土)24:00
◆配点: Wiki  50点,発表 25点(評価項目の詳細は本選と同じ)
◆YouTube以外の項目について,本大会と同じ基準で評価します.
◆評価成績に応じてサンフランシスコで開かれる本大会への渡航費を支援します.
◆WikiにELSI(倫理)のページ(英語)を設けることを参加要件とします.
補足資料参照)
◆申込先:Akinori Kuzuya
Email: kuzuya[at]kansai-u.ac.jp
(すでに申し込んだチームは不要です.)
申込メールには、チーム名,連絡先,メンター名を明記してください.
◆この他の詳細については,こちらの新学術HP
http://www.molecular-robotics.org/で順次お知らせします.

Call for Participation ~ BIOMOD JAPAN 2018

Molecular Robotics Research Group will hold BIOMOD JAPAN 2018 this summer again. This is a one-day meeting for teams who want to practice their presentation ahead of BIOMOD Jamboree. Please use this opportunity to brush up your project by receiving opinions from mentors of other teams. Teams planning to participate in BIOMOD 2018 or teams in the waiting list for BIOMOD 2019 are all eligible. The participation fee is totally free.
◆Date: August 26, 2018 (Sunday) 1300-1700
◆Place: Osaka University Toyonaka Campus Sigma Hall (Sigma Hall (No. 27 “Hall”))
On the basis of the same criteria of BIOMOD, contents of presentation and wiki will be evaluated by real mentors. YouTube video is not a subject to evaluation. The results will be fed back to participating teams.
◆Presentation time: 10 minutes with 5 minutes Q & A
◆Project abstract(Max 150 words) deadline: Saturday, August 4, 2018, 24:00
◆Wiki Freeze: Saturday, August 18, 2018, 24:00
◆Evaluation: 50 points for wiki and 25 points for presentation
(just as BIOMOD Jamboree except for YouTube video)
◆Application to BIOMOD JAPAN should be sent to :
Prof. Dr. Akinori Kuzuya, Kansai University
Email: kuzuya[at]kansai-u.ac.jp
Please specify names of the team, contact person, and the mentor(s).
(Invited teams and those applied already do not have to do so again.)

関西大学化学生命工学部知能分子学研究室

=============
補足資料)

BIOMODのWIKIページへのELSI記載について

小長谷明彦(東工大)

近年、分子ロボティクスの研究が盛んになるにつれ、分子ロボティクスが人類に及ぼす影響に対する関心が高まっています。分子ロボットが社会に受容されるためには、法律ならびに研究倫理に則り、分子ロボットの安全性や有用性を正しく社会に伝える必要があります。そこで、BIOMOD国内大会においては、各参加チームのWIKIに、各チームのプロジェクトについて、法律・倫理・社会的課題(ELSI)の観点からの考察・記述を加えていただくこととします。

具体的には、
経済産業省委託事業平成25年度環境対応技術開発等(バイオインダストリー安全対策事業)報告書における「合成生物学の法規制のあり方に関する調査研究(178-199ページ)」を参考にして、199頁の「表-1合成生物学研究における検討課題(試案)」の研究領域・区分のどこに該当するか(該当しない場合は新規に区分を分子ロボットとする)を明記し、懸念事項について、もし該当するものがあれば、それを明記してください。

Wikiの書き方については、iGEMでのELSIの頁を参考にしてください。
http://2013.igem.org/Team:UGent/Ethics
http://2014.igem.org/Team:UiOslo_Norway/Safety/Ethics
http://2015.igem.org/Team:Bordeaux/ethics

=============

BIOMOD2017 Japan 結果

今年も、学生チームによるレベルの高い熱いプレゼンテーション(英語)が繰り広げられました。
結果は下記のとおりです。
1位 東京大学 Team UT-Komaba (DNAnet)
2位 東北大学 Team Sendai
3位 九州工大 Team YOKABIO
4位 関西大学 Team Kansai
5位 大阪大学 Team Osaka

参加登録の遅れから国際大会への出場権を逃したことにもめげず、UT-Komabaが見事優勝しました。おめでとうございます。

日本大会の結果は結果として、各チームには11月4日にサンフランシスコで開催されるBIOMOD 2017 Jamboreeに向けてさらなるブラッシュアップを期待します。

また、今年より、各チームが研究する分子ロボットのELSIに対する記述がwikiに追記されるようになりました。大会ではテクノロジー・アセスメントを専門とされている吉澤剛先生(大阪大学)による倫理の講義も開催されました。

分子ロボットが社会に受け入れられるためには、単に技術開発をするだけでは不十分であり、その技術が将来的にどのような結果をもたらすかを倫理・法律・社会的課題の観点から見通した技術開発が求められます。吉澤先生の講義でも「vorsichtig (慎重に)」という言葉が強調されていました。本コンテストでのELSIへの取組みが分子ロボティクスコミュニティにおけるELSI浸透の一助となれば幸いです。

最後にBIOMOD2017JAPANを開催された大阪大学上杉先生、森島先生をはじめとするオーガナイザーの先生方に厚く御礼申し上げます。

BIOMOD JAPAN 2017 開催のお知らせ(プログラムupしました)

大阪大学と分子ロボティクス研究会は,BIOMOD JAPAN2017を開催します.

これはサンフランシスコで開かれるBIOMODジャンボリーでの発表練習をしたいチーム,メンターから意見をもらってプロジェクトをブラッシュアップしたいチームのみなさんはどうぞこの機会を利用してください.BIOMOD JAPAN2017には,BIOMOD2017に出場予定あるいは,出場エントリーしたが出場枠が得られたなかったチームが参加することができます.参加費は無料です.

◆日時 2017年9月2日(土) 1300-1700ころ

◆場所 大阪大学 豊中キャンパス シグマホール(Sigma Hall (No. 27 “Hall”))

★★詳細なプログラムおよび各チームのアブストラクト・wikiこちらをご覧ください(2017年8月21日現在)

BIOMODジャンボリーと同様な基準で,発表およびWikiの内容に対して,メンターによる評価が行われます.You Tubeは評価対象ではありません.評価結果は参加チームにフィードバックされます.

◆発表時間:10分,質疑5分

◆アブストラクト: 2017年8月18日(金)24:00

◆Wikiフリーズ: 2017年8月25日(金)24:00

◆配点 Wiki  50点,発表 25点(評価項目の詳細は同じ)

◆申込先:Kaoru Uesugi
Email: uesugi[at]live.mech.eng.osaka-u.ac.jp
(すでに申し込んだチームは不要です.)
チーム名,連絡先,メンター名を明記してください.

Call for Participation ~ BIOMOD JAPAN 2017

Osaka University and Molecular Robotics Research Group will hold
BIOMOD JAPAN 2017. This is a one day meeting for a team who wants to
practice presentation at BIOMOD Jamboree. Please use this opportunity
to brush up your project by receiving opinions from mentors of other
teams. Teams plan to participate in BIOMOD 2017 or teams in the
waiting list for BIOMOD 2018 can participate. The participation fee is
free.

◆Date: September 2, 2017 (Saturday) 1300-1700

◆Place Osaka University Toyonaka Campus Sigma Hall (Sigma Hall (No. 27 “Hall”))

On the basis of the same criteria of BIOMOD, contents of presentation
and wiki will be evaluated by mentor. You Tube is not subject to
evaluation. Evaluation results will be fed back to participating
teams.

◆Presentation time: 10 minutes with 5 minutes Q & A

◆Project abstract deadline: Friday, August 18, 2017 24:00

◆Wiki Freeze: Friday, August 25, 2017 24:00

◆Evaluation: wiki 50 points, presentation 25 points
(details of evaluation items are the same for BIOMOD)

◆Application to BIOMOD JAPAN should be sent to :
Prof. Kaoru Uesugi, Osaka University
Email: uesugi[at]live.mech.eng.osaka-u.ac.jp

(The team that applied already is unnecessary.)
Please specify the team name, contact name, and mentor name.

BIOMOD2016帰朝報告会を開催いたします

先月29-30日カリフォルニア大学サンフランシスコ校にてBIOMOD2016(国際生体分子デザインコンペティション)が開催され、日本から参加した各大学チームも大健闘でした。
下記のとおり、帰朝報告会を行います。出席ご希望のかたは、申込フォームにご記入の上、お申込ください。
日 時:11月14日(月) 17:30から19:00
場 所:田町CIC506号室(遠隔地の大学チームはTV会議利用)
参加費:無料
参加資格:どなたでも参加できます。
(下記の申込フォームから登録してください。)

タイムテーブル:
17:30-17:35 開催挨拶
17:35-17:50 九州工業大学 YOKABIO
17:50-18:05 関西大学   Team Kansai
18:05-18:20 東京大学   Team UT-Komaba DNAnet
18:20-18:35 東北大学   Team Sendai
18:35-18:50 大阪大学   Team Osaka
18:50-19:00 総括
発表時間:プレゼン(報告10分+質疑5分)
内容:作品紹介,チーム活動で学んだこと,苦労したことなど。

cvv75dsvyaalngj-1
BIOMODツイッターより


BIOMOD2016日本大会画像をUPしました

8月28日に開催された「BIOMOD2016日本大会」に於る各チームの発表の様子をお伝えいたします。
Group_photo_S

プレゼン1 九州工業大学 YOKABIO
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プレゼン2 関西大学 Team Kansai
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プレゼン3 東京大学・駒場 Team UT-Komaba DNAnet
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プレゼン4 東北大学 Team Sendai
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プレゼン5 大阪大学 Team Osaka
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プレゼン6 東京大学・駒場 Team UT-Komaba knot
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1位チーム駒場(Team UT-Komaba DNAnet) BIOMOD2016 日本大会結果

BIOMOD2016日本大会が、2016年8月28日(日) 東京大学 弥生キャンパス I-REF棟にて開催されました。
結果は以下の通りです。
1位、東京大学、Team UT-Komaba (DNAnet)
2位、九州工業大学、YOKABIO
3位、東北大学、Team Sendai
4位、関西大学、Team Kansai

当日のプログラム、参加チームの発表内容は、 こちらをご覧ください。

BIOMOD2016各チームのPDF/Webを追加しました

今月28日(日)にせまったBIOMOD2016日本大会における、参加6チームのアブストラクトおよびWebがご覧になれます。

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